Pour combattre, Mario a le choix entre plusieurs commandes: le saut et le marteau, en fonction des ennemis qu'il aura face à lui. Ainsi le saut sera obligatoire pour les ennemis volants et a contrario déconseillé si l'ennemi dispose d'une carapace à pointes. Des sauts et marteaux aux capacités spéciales pourront être utilisés lors des combats selon les badges dont se sera équipé Mario avant le combat, nous y reviendrons. Ces pouvoirs spéciaux conférés par les badges consomment des points fleurs, l'équivalent de la Mana dans moult jeux de ce type. Ces points fleurs servent également aux capacités spéciales de vos compagnons en combat. Vos compagnons? et oui car votre équipe ne se limite pas à Goomélie !
Mais je ne t'apprends rien, Ô toi lecteur sagace qui a joué de nombreuses heures à Paper Mario 64, toi qui n'ignores pas qu'au cours de ses pérégrinations Mario verra de nouveaux alliés se joindre à lui pour l'aider dans sa quête. Bombart, cumulia, koopek et j'en passe. Ce n'est pas moins de 7 personnages qui pourront aider Mario dans l'exploration des niveaux mais également en combat. Les sidekicks pourront attaquer les ennemis avec leur propres capacités de base (Goomélie donne un coup de boule aux ennemis) ou donc à l'aide de leur(s) capacité(s) spéciale(s) consommant la plupart du temps des PF (Goomélie peut réveler le nom, les PV et les points faibles des ennemis avec sa capacité "indic"). Vous ne pouvez être accompagné que d'un partenaire en combat mais il est possible de changer en cours en sacrifiant un tour d'action. Le système de combats est donc plus évolué qu'il n'y parait, la stratégie d'utilisation et de rotation de vos compères ainsi que de vos points fleurs étant déterminante.